Quel rôle joue la flore intestinale pour notre santé ?
Dernière mise à jour : 24 February 2025
Votre corps abrite des millions d’organismes telles que des bactéries, des levures, des virus, présents dans diverses parties du corps comme la peau, le nez, la bouche, et l’intestin. La plupart se trouvent dans les intestins et jouent un rôle essentiel dans votre santé en régulant vos hormones, votre métabolisme, votre réponse immunitaire et la digestion. De plus, la flore intestinale est liée à toute une série de maladies, qu’il s’agisse de problèmes de métabolisme (comme l’obésité ou le diabète de type 2) ou de problèmes mentaux. Dans cet article, nous allons définir ce qu’est la flore intestinale et la manière dont elle impacte votre santé.
Qu’est-ce que la flore intestinale ?
Le système digestif humain renferme une population de plus de 100 billions de micro-organismes, essentiellement des bactéries. Le rôle de ces bactéries est notamment de favoriser la digestion et assimiler les nutriments de notre alimentation. Elles remplissent également d’autres rôles essentiels de régulation de notre santé, et contribuent par exemple à notre système immunitaire 1.
Chaque personne possède une combinaison unique de flore intestinale, également appelée microbiote. Ce microbiote est principalement influencé par la génétique et les conditions à la naissance, mais évolue également au cours de la vie en raison de facteur tels que l’alimentation, l’âge, la zone géographique et la prise de certains médicaments, comme les antibiotiques.2,3. Le microbiote intestinal, son matériel génétique et les métabolites qui y sont associés et vivant dans les intestins, est nommé le microbiome intestinal.
Il n’existe pas de consensus sur la définition de « microbiome intestinal sain », notamment car chaque microbiome est unique (y compris pour les vrais jumeaux !) et qu’il évolue au cours de la vie ; toutefois, certains indicateurs permettent d’en comprendre les caractéristiques qui ont des effets positifs ou négatifs sur la santé. Avant tout, nous savons que disposer d’une flore intestinale variée rend notre microbiome plus fort et résilient.2 Chez les adultes, un microbiome riche de nombreux types de bactéries fonctionne plus efficacement qu’un microbiome moins varié, car lorsqu’un type de bactérie n’assure plus sa fonction, un autre peut prendre le relai.
Fig. 1 – Présentation de la différence entre micro-organismes, microbiote et microbiome.
Comment la flore intestinale impacte notre santé ?
Notre flore intestinale intervient dans de nombreuses fonctions essentielles de l’organisme, notamment la production de vitamines et l’assimilation des nutriments, la réponse immunitaire, la régulation des hormones et du métabolisme, et nous protège contre divers agents pathogènes 4.
La perturbation de l’équilibre des microorganismes entraîne un état connu sous le nom de dysbiose, qui peut altérer ces fonctions. La dysbiose intestinale est liée à toute sorte de problèmes de santé, dont des allergies, des maladies auto-immunes, certains types de cancers, l’asthme, des affections du métabolisme comme le diabète de type 2 et l’obésité, ainsi que des problèmes de santé mentale comme l’anxiété et la dépression1. Que ces changements dans la flore intestinale soit la cause de ces maladies ou une conséquence de celles-ci reste cependant à déterminer.4
Les chercheurs constatent également que des personnes souffrant de certaines pathologies présentent des bactéries intestinales différentes des personnes saines. Par exemple, les personnes atteintes de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (IBD pour son sigle en anglais) ou de diabète de type 2 présentent un microbiote significativement différent de personnes qui ne souffrent pas de ces maladies.
Comment la flore intestinale impacte-elle notre système immunitaire ?
La majorité de notre système immunitaire, soit 70 % - 80 % des cellules immunitaires, se trouvent dans les intestins. Elles sont ici en constante relation avec la flore intestinale. Cette relation étroite est essentielle à la constitution du système immunitaire car elle permet de créer, développer et réguler les cellules immunitaires, tout en protégeant l’organisme contre certains agents pathogènes malveillants. En échange, les cellules immunitaires contribuent à stabiliser l’équilibre des microorganismes intestinaux. Cette collaboration est essentielle à la stabilité du système immunitaire et à la santé de l’organisme. Toutefois, une perturbation de la structure et du fonctionnement du microbiote intestinal peut mener à un développement incontrôlé de mauvaises bactéries, augmentant ainsi le risque d’infections et d’autres problèmes de santés3.
La flore intestinale peut-elle influer sur notre santé mentale ?
Il existe une importante corrélation entre les intestins et notre cerveau, communément appelé l’axe intestin-cerveau. Cette communication à deux sens permet à l’intestin d’influer sur les performances cognitives, l’humeur et le comportement. Par exemple, les problèmes intestinaux de type « syndrome de l’intestin irritable » (IBS pour son sigle en anglais) peuvent affecter le fonctionnement du cerveau ; à l’inverse, le stress est le principal déclencheur des symptômes du syndrome IBS, cette maladie étant lié à des troubles de l’anxiété, à des traumas de l’enfance ou à la dépression 5,6. Par conséquent, notre santé mentale peut largement influer sur notre système intestinal, ce qui permet d’élargir notre vision de la santé mentale au-delà du seul cerveau 7,8.
Un certain nombre d’études montre que la diversité et composition du microbiote intestinal joue un rôle dans certaines pathologies comme la dépression, l’anxiété, et d’autres affections psychologiques.. Les chercheurs étudient par ailleurs le rôle que joue le microbiote intestinal dans l’évolution des affections neurologiques comme Alzheimer, les AVC, la maladie de Parkinson et la schizophrénie.4,9.
D’autres recherches explorent la relation entre amélioration du microbiome intestinal et renforcement de la santé mentale. Par exemple, certains essais cliniques prouvent que les probiotiques, ces bonnes bactéries qui influencent le lien entre intestin et cerveau, peuvent réduire l’anxiété, stabiliser notre humeur, voire améliorer les capacités cognitives dans des affections de type trouble bipolaire 9. Ces essais emploient le terme de «psychobiotiques» pour désigner cette capacité des probiotiques (et prébiotiques) à soulager certains symptômes liés à la santé mentale8,9,10.
Les régimes alimentaires, qui impactent considérablement notre flore intestinale, font également l’objet de recherche s’agissant de leur impact sur notre santé mentale. Par exemple, les régimes riches en graisses d’origine animale provoquent un déséquilibre dans les micro-organismes intestinaux, alors que le régime méditerranéen (riche en fibre et prébiotiques issus de céréales complètes, des fruits à coque et autres légumes) a prouvé sa capacité à réduire l’apparition de maladies psychiatriques et le risque de dépression 4,11.
Comment notre flore intestinale influe-t-elle sur la perte de poids ?
De nombreuses études ont démontré un lien fort entre flore intestinale, prise de poids et obésité. Notre flore intestinale contribue à la régulation du poids en influençant le niveau d’énergie, l’appétit, la manière dont nous absorbons des nutriments, et l’apparition des tissus adipeux qui influence la manière dont notre organisme stocke la graisse5, , . Par exemple, chez les personnes souffrant d’obésité, la flore intestinale est plus performante que celle des personnes ayant un poids normal pour extraire l’énergie des aliments. En général les personnes atteintes d’obésité présente une flore intestinale différente et moins variée que les personnes n’en souffrant pas, et les types de bactéries trouvées dans cette flore peut varier en fonction du degré d’obésité 14,15. Une perturbation de la flore intestinale peut contribuer à l’apparition de l’obésité, en impactant le métabolisme et le stockage des graisses, mais peut également être une conséquence de l’obésité à la suite d’une prise de poids1. Le développement du microbiote dès la petite enfance peut également influencer la croissance de l’enfant et prévenir un risque d’obésité plus tard au cours de sa vie.
La plupart des preuves reliant la flore intestinale et l’obésité provient d’études sur des animaux. De nombreuses études ont été menées sur des humains, mais leur portée est limitée par la sous-représentation de populations et des résultats contradictoires15. Les recherches existantes ont prouvé le lien entre changement de la flore intestinale (par exemple, celui causé par un traitement antibiotique) et prise de poids1,16. Les constatations de ces études sur les animaux ne peuvent directement être appliquées aux humains, aussi des recherches complémentaires devraient permettre de comprendre comment et dans quelle mesure le microbiome intestinal influence le métabolisme humain .17
Modifier le microbiote intestinal au moyen de l’alimentation, de la consommation de probiotiques ou prébiotiques constitue une solution prometteuse de gestion du poids. Des approches personnalisées et des interventions combinées peuvent s’avérer nécessaire pour constater des améliorations chez certains individus 18. Il est par ailleurs tout aussi important que tout traitement lié au microbiote soit mené sous surveillance médicale pour s’assurer que le traitement est efficace et sans danger.
Fait marquant de la recherche : Le projet BETTER4U, financé par l’Union Européenne, œuvre à développer des interventions personnalisées pour traiter l’obésité et la prise de poids. Le projet vise à comprendre l’influence de facteurs tels que la génétique, l’épigénétique, le mode de vie, l’environnement, et le microbiome intestinal sur la prise de poids et identifier les souches microbiennes qui pourraient contribuer à la perte de poids.
Quels sont les facteurs qui influencent la composition de la flore intestinale ?
Naissance et petite enfance
La formation du microbiome intestinal commence dès la petite enfance. Le mode d’accouchement (par voie basse ou par césarienne) peut également influencer les types de bactéries qui s’installeront dans l’intestin. Les nourrissons nés par voie basse constituent leur flore intestinale principalement grâce aux bactéries vaginales de la mère. Les nourrissons nés par césarienne constituent une flore intestinale composée de bactéries différentes, présentes dans l’environnement, par exemple sur la peau de la mère ou des soignants. Cela influe sur la composition du microbiote intestinal chez les nourrissons jusqu’à six mois après leur naissance16.
La nourriture est également un facteur crucial du développement du microbiote chez le nourrisson, selon que celui-ci est allaité ou nourri au biberon. Le lait humain est riche en nutriment essentiels, tels que les lipides, les protéines, les glucides, les immunoglobulines, qui ensemble contribuent à la diversité du microbiote. Les améliorations apportées à la composition des préparations pour nourrissons, comme l’ajout d’oligosaccharides spécifiques, visent à favoriser un microbiote riche en souches de bactéries bénéfiques associées à des effets positifs sur la santé. Au cours du développement du nourrisson, son microbiote évolue, et à l’âge de trois ans, le microbiote sera plus ou moins identique à celui d’un adulte 19,20.
Effet des antibiotiques
Les antibiotiques nous aident à combattre des infections bactériennes (parfois mortelles), toutefois elles peuvent aussi nuire aux bonnes bactéries présentes dans notre organisme par la même occasion. Les antibiotiques limitent la diversité microbienne et altèrent les attributions du microbiome intestinal, pouvant aller jusqu’à causer une dysbiose21. L’ampleur de cette altération dépend de plusieurs facteurs, et notamment le type d’antibiotiques prescrit, la dose et la durée de prescription17. L’impact des antibiotiques est généralement de court terme, toutefois des perturbations dans le microbiote intestinal a parfois été constaté pour des durées plus longues ; certains cas ont également associé cette perturbation à des risques accrus d’asthme, d’apparition d’allergies alimentaires ou de prise de poids .
La prise d’antibiotiques peut entraîner une diarrhée plus ou moins sévère, causée par l’agent pathogène Clostridioides difficile. La prise de probiotiques durant un traitement antibiotique permet de réduire ce risque de diarrhée induit par ce traitement 22.
Il est important de toujours être prévenu des dangers de l’usage des antibiotiques, y compris en cas d’utilisation inappropriée ou excessive23. Il convient de prendre des antibiotiques uniquement sur prescription de votre docteur (en évitant toute automédication), de suivre les recommandations de votre médecin traitant et de suivre votre traitement jusqu’à son terme.
Alimentation et mode de vie
L’alimentation et le mode de vie ont un impact majeur à long terme sur la composition et le fonctionnement de la flore intestinale 19,23. Les bactéries présentes dans notre flore intestinale dépendent fortement des aliments que nous ingérons, qui peuvent favoriser ou entraver leur fonctionnement. Par exemple, les bactéries intestinales fermentent des substrats qui ne sont pas digérés tels que les fibres alimentaires (par exemple, les prébiotiques), par un processus qui produit des acides gras à chaîne courte, essentiels à la régulation du métabolisme et la prévention d’inflammations et de maladies13,24. En général, les régimes riches en fibres, en aliments d’origine végétale et en céréales complètes favorisent la diversité du microbiome. À l’inverse, les régimes caractérisés par des aliments pauvres en fibres peuvent réduire la diversité microbienne12.
La prise de probiotiques ou de prébiotiques, sous forme de compléments alimentaires ou présents dans certains aliments, peut améliorer la santé intestinale car ils favorisent la présence de bactéries intestinales bénéfiques26. En cas de dysbiose, les probiotiques peuvent rééquilibrer le microbiote intestinal en limitant les bactéries nocives et en renforçant la barrière intestinale.1,21. C’est pour cette raison que les probiotiques ont fait l’objet d’essais cliniques concernant leur potentiel thérapeutique sur un large éventail de problèmes de santé, allant du diabète de type 2 aux troubles de la santé mentale en passant par l’obésité.
En ce qui concerne les facteurs liés au mode de vie, une activité physique régulière, des interactions avec les animaux domestiques, le temps passé dans la nature et un sommeil suffisant favorisent la diversité et la santé de la population microbienne de l’intestin. À l’inverse, l’exposition à des polluants environnementaux, le tabagisme et la consommation excessive d’alcool réduisent la diversité microbienne et perturbent l’équilibre entre les bactéries bénéfiques et les bactéries nocives. Cela peut entraîner une augmentation des inflammations et un risque accru de maladie. La gestion du stress est également importante, car le stress chronique peut avoir un impact négatif sur la digestion, réduire la présence de bactéries bénéfiques et causer des problèmes au niveau de la barrière intestinale, et finir par causer une inflammation 25,26.
Fig. 2 - Quels sont les facteurs qui influencent le microbiote intestinal ?
Quels sont les aliments qui favorisent la santé des bactéries intestinales ?
Dans l’ensemble, une alimentation équilibrée et variée riche en fruits et légumes, en produits fermentés contenant des micro-organismes vivants et en graisses saines (c’est-à-dire, en graisses non saturées) est essentielle pour favoriser la diversité du microbiome intestinal. Voici quelques aliments qui peuvent contribuer à la santé de l’intestin :
- Les aliments riches en fibres : les fruits, les légumes et les céréales complètes comme les fruits rouges, les légumes verts et le quinoa sont d’excellentes sources de fibres. Ils favorisent la présence de bactéries diverses et bénéfiques, et apportent des nutriments essentiels.
- Les aliments fermentés : certains aliments fermentés comme le yaourt, le kéfir, le kimchi et la choucroute contiennent des micro-organismes vivants et sont souvent riches en bactéries probiotiques. La consommation de ces aliments peut introduire des bactéries saines directement dans votre intestin.
- Aliments riches en prébiotiques: Les prébiotiques servent de nourriture aux bactéries bénéfiques de l’intestin ; on les trouve dans de nombreux aliments, comme la chicorée, les graines de chia, les graines de lin, l’oignon, l’ail, les amandes, l’artichaut, l’avoine et autres plantes 27.
- Les aliments riches en polyphénols : les fruits comme les framboises, les myrtilles, les oranges, le raisin, la grenade, l’ananas et le pamplemousse ; les légumes comme les aubergines, les piments ; les fruits à coque comme les noisettes et les châtaignes ; le thé (vert, noir et oolong) et le café sont riches en polyphénols, qui peuvent favoriser le développement de microorganismes bénéfiques 28,29,30.
- Les aliments riches en acides gras oméga-3 et oméga-6 : les fruits à coque, les graines de lin et les poissons gras, comme le saumon, le maquereau et les sardines, ont des propriétés anti-inflammatoires qui aident à maintenir un environnement intestinal équilibré.
Les aliments riches en graisses saturées, comme les aliments frits, et les aliments riches en sucres ajoutés et libres, comme les sodas et les sucreries, peuvent avoir un impact négatif sur la flore intestinale . Essayez de remplacer les chips par des légumes crus et du houmous ou un dessert sucré par une salade de fruits frais.
Fait marquant de la recherche : Le programme DOMINO, financé par l’Union Européenne, mène des recherches sur l’impact des aliments fermentés sur le microbiome intestinal et ses bienfaits sur la santé. Ce projet permettra une meilleure compréhension des recommandations relatives aux aliments fermentés et de la manière dont celles-ci peuvent aider le traitement d’individus présentant un syndrome métabolique
Conclusion
Les bactéries présentes dans notre flore intestinale sont essentielles pour notre santé. L’ampleur et la nature de l’influence de nos « colocataires » microbiens sur notre santé constituent un domaine de recherche en plein essor. Bien qu’il existe encore des lacunes dans notre connaissance sur le sujet, la recherche établit clairement un lien entre notre flore intestinale et notre organisme, influençant notre système digestif et immunitaire et même notre santé mentale et notre gestion du poids. L’équilibre et la diversité de notre flore bactérienne, indicateur du fonctionnement de notre population microbienne, est façonné par un savant mélange de divers facteurs tels que notre alimentation, notre mode de vie, la génétique et l’épigénétique, de même que notre exposition aux microbe depuis notre petite enfance. La constitution d’un microbiome intestinal varié passe par une alimentation équilibrée riche en fibre, en aliments fermentés et en prébiotiques, ainsi que par une hygiène de vie soutenue par une activité physique régulière et la gestion du stress ; elle contribuera non seulement à la santé de votre système digestif mais préviendra également le risque de nombreuses maladies chroniques.
Cet article a été rédigé en collaboration avec l’EUFIC et des chercheurs contribuant aux projets DOMINO et BETTER4U.
Déclarations de financement pour les projets évoqués :
Le projet DOMINO a été financé par le programme de recherche et innovation Horizon Europe de l’Union Européenne, et a fait l’objet du contrat de subvention n° 101060218.
Le projet BETTER4U a été financé par le programme de recherche et innovation Horizon Europe de l’Union Européenne, et a fait l’objet du contrat de subvention n° 101080117.
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